Мыскаменская школа-интернат основана в 1969 году как восьмилетняя общеобразовательная школа. В 1970 году школа стала средней, а в 2001 году на основании Постановления Главы МО Ямальский район была реорганизована в Муниципальную общеобразовательную школу–интернат «Мыскаменская школа-интернат среднего (полного) общего образования» и приняла 79 воспитанников из числа коренных малочисленных народов Севера, детей охотников, оленеводов и рыболовов.
Школа-интернат расположена в муниципальном образовании Ямальский район, сельское поселение Мыс-Каменское, вдали от транспортных развязок, на берегу Обской губы. Поселок удален от экономических, культурных центров округа. В микрорайоне школы нет крупных культурно-просветительских учреждений, поэтому школа, по сути, играет роль социокультурного центра.
В 2011 году Мыскаменская школа-интернат получила статус казённого учреждения и стала называться МКУОШИ «Мыскаменская школа–интернат среднего (полного) общего образования».
В 2015 году школа была периименована в Муниципальное казенное общеобразовательное учреждение "Мыскаменская школа-интернат"